Kakao tanelerinin %50-57si yağdan oluşur. Ancak çikolatanın sağlığa yararları içindeki yağ ve şekerden kaynaklanmaz. Çikolatada bol miktarda polifenol bulunur. Küçük bir parça bitter çikolatada bir bardak kırmızı şarabın iki katı kadar veya bir fincan yeşil çaydaki kadar polifenol vardır. Bir fincan sıcak çikolata, bir fincan siyah çayın beş katı kadar, yeşil çayın üç katı kadar veya kırmızı şarabın iki katı kadar daha fazla antioksidan aktivite meydana getirebilir.

Yeni Dünya’nın başlangıcında çikolata yorgunluğu gidermek için kullanılırdı. Tarih boyunca çikolataya sadece tadı güzel bir yiyecek olarak değil anjin ve dolaşım sorunları gibi farklı hastalıkların çaresi olarak bakılırdı. Çikolata ile sağlık arasındaki bu olumlu bağlantı çikolatanın üretiminin endüstriyelleşmesi ve şekerle doldurulmuş çok az kakao içeren şekerlemelerin üretilmeye başlaması ile 19. Yüzyılın sonlarında kayboldu. Böylece çikolata sağlığa zararlı bir madde olarak algılanmaya başlandı.

Orta miktarda kakao tüketimi kanın antioksidan kapasitesinin artmasına ve böylece kan damarlarının içine yerleşerek kan akışını bloke eden plakların oluşumundan sorumlu proteinlerin oksitlenmesinin azalmasına neden olur. Ancak çikolata süt ile birlikte yendiğinde bu etki kaybolur.

Günde 40 gram bitter çikolata tüketimi vücuda önemli miktarda polifenol sağlayabilir ve böylece kadiyovasküler hastalıklar ve kanserin önlenmesine yardımcı olabilir. Aralarda yenilen atıştırmalıkların, şeker tüketiminin verdiği keyif nedeniyle insanların beslenme alışkanlıklarının her zaman bir parçası olacağını kabul edersek, bu alışkanlığın hiçbir besin değeri olmayan boş, şekerli abur cuburlar yerine bitter çikolata ile değiştirilmesi kronik hastalıkların önlenmesine önemli ölçüde katkı sağlayabileceği söylenebilir.